劳动者追索加班费的时效并没有限制
一些劳动仲裁机构和法院均裁(判)决劳动者只能追讨两年内的加班工资，认为超过两年部分已经失去时效。但对于加班工资，没有任何一部法律设定两年的保护时效。只有在劳动者没有举证又无法查证的情况下，超过两年部分的加班工资才一般不予保护。
有两年限制的不是时效，而是举证的责任
根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条第四款规定，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制(即劳动争议申请仲裁的时效期间为一年)。
但鉴于原劳动部《工资支付暂行规定》明确规定，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查，故劳动者实体追索劳动报酬的时效以两年为限。两年以上的劳动报酬，并非不可追索，但需以用人单位没有异议为限。也就是说，申请仲裁之日起两年内的劳动报酬的举证责任由用人单位承担，两年以外的由劳动者承担，并且以用人单位予以认可为条件。
如果是在劳动关系终止后提起劳动仲裁申请主张加班费权益的，
同样可以追索在职期间的所有加班工资，但是应自劳动关系终止之日起一年内提出。而同样由用人单位承担两年之内的工资支付举证责任，劳动者承担两年以外的工资发放举证责任，且需得到用人单位认可。
因此除企业必须妥善保存计算和支付加班工资的资料，以备举证所需之外，劳动者也应及时、积极的追索加班工资，否则很可能会面对举证不能的不利后果。
此外，劳动者在保留与加班有关证据的同时，还应严格按照解释中规定的条款在仲裁时效内及时主张自己的权利，否则自己的权利仍无法通过司法途径得以最终的实现。
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