功能性消化不良病因研究已经多年，主要认为与胃排空延缓、胃容受性舒张能力下降及内脏敏感性增强有关。近年来，发现感染因素、精神心理因素、遗传易感性和某些胃肠激素与功能性消化不良的发病密切相关。
一、感染因素与功能性消化不良的关系
研究资料显示，根除幽门螺杆菌以后，部分病人的消化不良症状会有所改善，推测幽门螺杆菌感染可能与功能性消化不良的发病有关。临床研究也发现，部分患者在急性胃肠炎后长期消化不良，称为感染后功能性消化不良（PIFD）。大约25%的急性肠道感染的病人会出现IBS或消化不良的症状。这些病人的粘膜具有炎性细胞和炎性细胞因子表达增加的现象，粘膜炎症至少在某种程度上是内脏高敏感性和内脏致敏的一个决定因素。
二、精神心理因素与功能性消化不良的关系
消化不良与心理因素、精神障碍有关，功能性消化不良病人的焦虑发病率很高，心理因素虽然不能完全解释功能性消化不良的发生，也不是诊断功能性消化不良的必需条件，但是却认为是功能性消化不良患者疾病体验和疾病行为的重要调节因素，并可能最终影响临床预后。国外许多学者认为早期负性生活事件时功能性胃肠道疾病患者生活质量不良的报警因素。
三、遗传易感性与功能性消化不良的关系
某些遗传因素使得一些个体容易患功能性消化不良，遗传因素可能通过多种途径来影响疾病。目前虽有一些有关遗传因素与功能性胃肠道疾病发病机制的研究，但主要研究的都是与IBS的发病关系，对于遗传因素与功能性消化不良的报道较少。
四、胃肠激素与功能性消化不良的关系
许多胃肠激素均与功能性消化不良的发病有关。目前研究发现，胆囊收缩素（CCK）及5羟色胺（5-HT）与功能性消化不良的发病关系密切。CCK可以抑制胃动力及胃排空，在功能性消化不良患者症状的产生中发挥着一定的作用。5-HT是一种广泛存在于中枢神经系统和胃肠道的神经递质，具有多种生物学功能，它与胃肠道活动关系密切。
功能性消化不良的确切发病机制目前还不清楚，但是由于这一疾病严重影响患者的生活质量、心身健康，所以还有很多工作需要临床基础研究人员进一步研究。
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