如果员工有违反法律规定、公司制度的行为的，公司是可以在法律规定的幅度内克扣工资的，但是没有正当理由克扣工资是违法的
克扣工资的法律责任
根据《劳动合同法》第85条的规定，用人单位未依照劳动合同的约定或未依照本法规定支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。
在用人单位拖欠或未足额发放劳动者报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
怎么认定克扣工资?
根据《工资支付暂行规定》第15条的规定，用人单位不得克扣劳动者工资。那么，什么叫做“克扣”呢，根据《工资支付暂行规定的补充规定》第3条：《规定》第十五条中所称“克扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬)。
克扣劳动者工资不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。
劳动者在拖欠工资的维权中需注意
1、要确认和单位之间的劳动关系的事实，如工资单，考勤记录，工作过程中的文件记录。
2、确认劳动关系后，对于单位拖欠工资的违法行为，可与老板协商，要求单位补发工资。
3、如果协商不成，带好相关资料到劳动局投诉，或者直接到单位所在地的劳动仲裁委提出劳动仲裁。
4、如果拖欠工资数额比较大的话，可以直接请律师打官司，通过诉讼的方法来要回被拖欠的工资。
企业处罚扣工资，必须要有明确的事项，并随时有单位处罚的文件及劳动者的签字。如果企业非法克扣工资的，需要承担法律责任，劳动者可以申请仲裁。
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